Sinetron 3 Mata Batin mengisahkan tentang kakak beradik Tio, Remon dan Alanis yang sama-sama lahir di tahun kabisat tanggal 29 Februari.  Suatu hari, Mila mempersiapkan ulang tahun sederhana untuk ketiga anaknya. Pesta ulang tahun mereka bertepatan dengan gerhana matahari dan kemudian kejadian aneh muncul.

​

Alanis mendapatkan kekuatan melihat masa depan. Seperti bencana alam gunung meletus. Alanis histeris dan merasa tersedot ke suatu tempat. Alanis berusaha menceritakan semua yang dilihatnya, tapi tak ada seorang pun yang percaya.

​

Saat mencari Alanis yang hilang, Tio bengong memandang ke arah lain. Tiba-tiba Tio melihat asap hitam di balik tubuh tiga orang yang melewatinya. Sementara itu Remon panik dan mendadak bisa berlari secepat kilat.

​

Sejak saat itu, kakak beradik ini mencoba membantu orang lain. Sayangnya, kekuatan mereka juga memiliki kelemahan. Di sisi lain, tak mudah bagi Tio, Remon dan Alanis membuat orang lain percaya dengan kekuatan spesial yang mereka miliki.